在上述合同安排下，用于折抵股權(quán)轉(zhuǎn)讓款的900萬(wàn)資金占用費(fèi)是否需要繳納增值稅成了一個(gè)很大的問(wèn)題。認(rèn)為需要繳納增值稅的一方認(rèn)為，合同中使用了“資金占用費(fèi)”這個(gè)字眼并且該部分費(fèi)用的計(jì)算方式與利息一致（按照年化利率10%）。雖然C公司沒(méi)有實(shí)際收到這筆資金占用費(fèi)，而是用于折抵股權(quán)轉(zhuǎn)讓款，C公司也應(yīng)該就該筆資金占用費(fèi)按照貸款利息繳納6%的增值稅。
另一方認(rèn)為，雖然合同使用了“資金占用費(fèi)”這個(gè)字眼且計(jì)算方式和利息一致，但其本質(zhì)是對(duì)A公司不按時(shí)履行合同義務(wù)的一種懲罰，應(yīng)該屬于違約金。合同規(guī)定這個(gè)條款并非C公司“圖謀”賺取資金占用費(fèi)，而且為了更好的執(zhí)行股權(quán)轉(zhuǎn)讓合同。
認(rèn)為需要繳納增值稅的一方進(jìn)一步認(rèn)為，如果合同解除，A公司需要退還C公司100萬(wàn)元定金且支付應(yīng)付的資金占用費(fèi)，那這部分資金占用費(fèi)就與股權(quán)對(duì)價(jià)沒(méi)有關(guān)系了，完全就是利息，需要按照6%繳納增值稅。
另一方提出如果合同解除時(shí)，A公司退還了C公司100萬(wàn)元定金，但C公司免除了計(jì)算應(yīng)付的資金占用費(fèi)，那么這部分被免除的資金占用費(fèi)是否還需要交納增值稅。實(shí)際操作中，這部分資金占用費(fèi)由于是按日計(jì)算，C公司很可能已經(jīng)在賬面上計(jì)提并交納了增值稅。股權(quán)轉(zhuǎn)讓交易沒(méi)有成功，也沒(méi)有收到資金占用費(fèi)，還無(wú)端產(chǎn)生了額外的增值稅，C公司真的是欲哭無(wú)淚。
情形二：
我們假設(shè)A公司準(zhǔn)備將所持有的B公司100%的股權(quán)轉(zhuǎn)讓給C公司，股權(quán)轉(zhuǎn)讓對(duì)價(jià)為人民幣1000萬(wàn)元。根據(jù)股權(quán)轉(zhuǎn)讓合同，C公司需要向A公司支付股權(quán)轉(zhuǎn)讓款的10%作為定金（100萬(wàn)元）。股權(quán)轉(zhuǎn)讓合同又規(guī)定，A公司在沒(méi)有按時(shí)履行合同規(guī)定的某些條款時(shí)，需要向C公司就定金按日計(jì)算資金占用費(fèi)；在利息累計(jì)至股權(quán)轉(zhuǎn)讓對(duì)價(jià)與定金的差額時(shí)，合同規(guī)定此時(shí)為C公司完成支付全部股權(quán)對(duì)價(jià)的支付義務(wù)。資金占用費(fèi)累計(jì)至股權(quán)轉(zhuǎn)讓款與定金之間的差額時(shí)，A公司繼續(xù)計(jì)算資金占用費(fèi)。資金占用費(fèi)累計(jì)超過(guò)股權(quán)轉(zhuǎn)讓款與定金之間差額的部分，A公司需要支付給C公司且以C已經(jīng)支付的定金金額為限。合同規(guī)定如下圖所示：